温度、湿度、光照、空气污染和灰尘是造成藏品损毁的主要原因。在保藏环境上，日本国会图书馆积极控制好以下几个因素：气（空气）、水（湿度）、土（灰尘）和火（温度和光照）。
同大多数亚洲国家一样，日本气候温暖湿润，非常适合图书害虫和霉菌的生长。由于害虫和霉菌的种类非常多，数量巨大，活跃期长，对藏品造成的损害非常严重。很多图书馆和收藏机构都受害于图书害虫和霉菌。2007年日本国会图书馆就曾发现在东京主图书馆主藏书楼藏馆内的一些书籍中长有图书害虫。
在发现这些害虫之后，日本国会图书馆正式引入IPM管理方案，以此来控制藏品的病虫害而不再只依赖于化学方法，后者被认为对地球环境和人类身体有负面影响，并致力于通过控制保藏环境来实现预防性养护。
日本国会图书馆采取了一些切实可行的、经济的措施，同时还咨询外面的一些专家，并且和日本一些相关机构共享这方面的信息。例如，跟其他相关部门合作，积极推广在藏品入库之前杀死害虫以避免虫害，使用鞋套来避免灰尘，用温湿数据记录器来记录藏馆内的环境温度变化曲线并定期巡视，做好陷阱检查，收集损害记录等措施。另外，对入库、藏品管理和设备维护方面的相关责任人定期召开会议，交流病虫害综合治理方面的信息并讨论对策。并通过网络和邮件让员工之间实现信息共享、增强意识，以进一步改善保藏环境。作为国际图联保存保护中心（IFLA-PAC）亚洲区中心，日本国会图书馆同国内外的图书馆、档案馆和博物馆共同合作推广IPM管理方案。
